Institués par Napoléon en 1800, les préfets ont vu leur rôle profondément transformé par la décentralisation.
Jusqu’en 1982, ils remplissaient une double mission à la tête du département : ils représentaient l’État et détenaient le pouvoir exécutif.
En 1982, ils ont dû céder ce pouvoir aux collectivités territoriales. Leurs attributions ont été alors redéfinies, puis précisées par la loi du 6 février 1992 et plus récemment par le décret du 29 avril 2004.

- Le préfet reste le « dépositaire de l’autorité de l’État dans le département ».

Il demeure responsable de l’ordre public : il détient des pouvoirs de police qui font de lui une « autorité de police administrative ». Il est le représentant direct du Premier ministre et de chaque ministre dans le département. Il met en oeuvre les politiques gouvernementales de développement et d’aménagement du territoire à l’échelle du département. Chef de l’administration préfectorale, il dispose d’un cabinet et d’un secrétariat général. L’organisation-type d’une préfecture comprend trois directions (réglementation, affaires décentralisées, action de l’État). Le préfet est assisté dans chaque arrondissement par un sous-préfet.

- Le préfet est chargé de contrôler les actes des collectivités territoriales

Le préfet exerçait auparavant un contrôle « a priori » sur les actes des collectivités, qui a été supprimé par la loi du 2 mars 1982. Désormais, il exerce une tutelle « a posteriori » et ne peut que déférer les actes des autorités qu’il contrôle au tribunal administratif, qui appréciera s’il doit en prononcer l’annulation en tant qu’actes « contraires à la légalité ».
Dans la pratique, le nombre de saisines de la justice administrative est faible (environ 2 000 déférés préfectoraux chaque année pour plus de 6 millions d’actes transmis).